Mustafa Pektemek, 1988 yılında Akyazı'da doğdu. Santrafor mevkiinde oynayan futbolcu, futbola genç yaşta başlamış ve okul takımıyla katıldığı bir turnuvada amatör takımlardan Topaağaçspor'a transfer olmuştur. 1999'dan 2004'e kadar bu takımın altyapısında forma giymiştir. 2004'te yerel takımlardan As Akyazıspor'a transfer olan Pektemek, burada bir sezon geçirdikten sonra Sakaryaspor altyapısına katıldı.
2006-2007 sezonunda Sakaryaspor PAF takımında forma giymeye başladı ve burada 13 maçta 7 gol kaydetti. PAF takımı performansı ile dikkat çeken Pektemek, Nejat Biyediç tarafından A takım antrenmanlarına dahil edildi ve Kasım 2006'da Ankaragücü'ne karşı oynadı. Burada 4 maç oynadıktan sonra Sarıyer'e kiralandı. Sakaryaspor Bank Asya 1. Lig'e düştükten sonra bir sezon daha burada forma giydi ve 29 maçta 4 gol attı.
29 maçta 11 gol attı
2008-2009 sezonunda Süper Lig'in köklü kulüplerinden Gençlerbirliği'ne transfer olan Pektemek, burada başarılı bir performans sergileyerek 27 maçta 8 gol kaydetti. 2009-2010 sezonunda ise bu performansını daha da artırarak 29 maçta 11 gol attı. 2010-2011 sezonunun başında geçirdiği ağır bir sakatlık nedeniyle uzun süre sahalardan uzak kaldı, ancak 2011 Şubat ayında İstanbul Büyükşehir Belediyespor karşısında 6 ay sonra sahalara döndü ve galibiyeti getiren golü kaydetti.
Beşiktaş'ta da başarılı bir kariyer sürdürdü
27 Mayıs 2011'de Beşiktaş'a transfer olan Pektemek, ilk sezonunda 35 lig maçında 8 gol atıp 3 asist yaptı ve toplamda 44 maçta 9 golle oynadı. Beşiktaş'ta da başarılı bir kariyer sürdürdü. Milli Takım kariyerine de 27 kez davet edilen Pektemek, 11 kez A Milli Takım, 15 kez de U21 Milli Takımı'nda forma giydi. 2007'de Avrupa 19 yaş Altı Futbol Şampiyonası'nda Türkiye 19 Yaş Altı Milli Takımıyla mücadele etti ve 2012'de A Milli Takım formasıyla da Slovakya karşısında ilk maçını oynadı.
Mustafa Pektemek, evli ve iki çocuk babasıdır.
